Regulado en los artículos 4 a 17 de los Estatutos de la Fundación, el Patronato es el órgano rector de INCLIVA, presidido por la Consellera de Sanidad Universal y Salud Pública de la Generalitat Valenciana.
El patronato es un órgano colegiado de dirección en el que están presentes, además de las entidades que conforman el Instituto de Investigación como son del Hospital Clínico Universitario de Valencia, la Universidad de Valencia y la Fundación Carlos Simón, entidades y personas representativas de la sociedad valenciana.
Su composición actual es la siguiente:
Presidencia
D. Miguel Mínguez, Hble. Sr. Conseller de Sanidad Universal y Salud Pública de la Generalitat Valenciana.
Vicepresidencia
D. Álvaro Bonet Pla, director gerente del Hospital Clínico Universitario de Valencia y del Departamento de Salud Valencia Clínico – Malvarrosa
Vocales en función del cargo que desempeñan
Dra. María Vicenta Mestre, Mgnfca. Sra. rectora de la Universitat de València
Dr. D. Francisco Javier Chorro, Ilmo. Sr. decano de la Facultad de Medicina
Dña. Emilia Adán García, presidenta del Consejo Social de la Universidad de Valencia
D. Juan López Trigo Pichó, Fundación Cañada Blanch
D. Rafael Alcón, Fundación Bancaja
D. José Bernardo Noblejas, Cámara Oficial de Comercio, Industria y Navegación
Dirección general de Investigación y Alta Inspección Sanitaria de la Conselleria de Sanidad Universal y Salud Pública de la Generalitat Valenciana
Dña. Concha Andrés Sanchis, secretaria autonómica de Eficiencia y Tecnología Sanitaria de la Conselleria de Sanidad Universal y Salud Pública de la Generalitat Valenciana
Dña. Núria Vizcarro Boix, Consejo Valenciano de Cultura
D. Carlos Simón Vallés, Fundación Carlos Simón
Dr. D. Ruben Ventura, Fundación FERO
Dña. Bárbara Congost Mirón, representante de FEDER, Federación Española de Enfermedades Raras
Vocales en su propio nombre
D. Carlos Pascual de Miguel
D. Joaquín Ortega Serrano
D. Tomás Trénor Puig
Dra. Ana Lluch Hernández
Dra. Àngela Nieto Toledano
Asisten a las reuniones con voz, pero sin voto
D. Vicente de Juan Martín, director gerente de INCLIVA
D. Andrés Cervantes Ruipérez, director científico de INCLIVA
D. Manuel Ricardo Delgado Rodríguez, secretario