Regulado en los artículos 4 a 17 de los Estatutos de la Fundación, el Patronato es el órgano rector de INCLIVA, presidido por el conseller de Sanidad Universal y Salud Pública de la Generalitat Valenciana.
El Patronato es un órgano colegiado de dirección en el que están presentes, además de las entidades que conforman el Instituto de Investigación, como son el Hospital Clínico Universitario de Valencia, la Universitat de València y la Fundación Carlos Simón, entidades y personas representativas de la sociedad valenciana.
Su composición actual es la siguiente:
Presidencia
Dr. Marciano Gómez Gómez, Hble. Sr. conseller de Sanidad de la Generalitat Valenciana.
Vicepresidencia
D. Álvaro Bonet Pla, director gerente del Hospital Clínico Universitario de Valencia y del Departamento de Salud Valencia Clínico-Malvarrosa
Vocales en función del cargo que desempeñan
Dra. María Vicenta Mestre, rectora magnífica de la Universitat de València
Dra. Amparo Ruíz Saurí, Ilma. decana de la Facultad de Medicina y Odontología de la Universitat de València
Dr. Vicente Soler Marco, presidente del Consejo Social de la Universidad de València
Dr. Juan Viña Ribes, presidente de la Fundación Cañada Blanch
D. Rafael Alcón, presidente de la Fundación Bancaja
D. José Bernardo Noblejas, en representación de Cámara Oficial de Comercio, Industria y Navegación de Valencia
Dra. Mariola Penadés Fons, directora general de Investigación e Innovación de la Conselleria de Sanidad
Dr. Bernardo Valdivieso Martínez, secretario autonómico de Planificación, Información y Transformación Digital de la Conselleria de Sanidad
Dña. Núria Vizcarro Boix, en representación del Consejo Valenciano de Cultura
Dr. Carlos Simón Vallés, presidente de la Fundación Carlos Simón
Dr. Rubén Ventura, en representación de la Fundación FERO
Dña. Bárbara Congost Mirón, representante de FEDER, Federación Española de Enfermedades Raras
Vocales en su propio nombre
D. Carlos Pascual de Miguel
D. Joaquín Ortega Serrano
D. Tomás Trénor Puig
Dra. Ana Lluch Hernández
Dra. Ángela Nieto Toledano
Asisten a las reuniones con voz, pero sin voto
D. Vicente de Juan Martín, director gerente de INCLIVA
Dr. Andrés Cervantes Ruipérez, director científico de INCLIVA
D. Manuel Ricardo Delgado Rodríguez, secretario