La Junta de Gobierno es el órgano encargado de elaborar y aprobar propuestas de actividades y proyectos de investigación, decidir y asignar los recursos presupuestarios y ejecutar y hacer cumplir los acuerdos del Patronato entre otras funciones. La composición actual es la siguiente:
Presidencia
D. Álvaro Bonet Pla, Director del Hospital Clínico Universitario de Valencia
Vicepresidencia
Dr. D. Francisco Javier Chorro, Decano de la Facultad de Medicina de Valencia
Secretaría
Dña. Maite Sáenz Gónzalez, Secretaria General de la Fundación INCLIVA
Vocales
D. Manuel Alos, Jefe del Servicio de Farmacia del Hospital Clínico Universitario de Valencia
D. Vicente de Juan Martín, director gerente de INCLIVA
Dr. D. Andrés Cervantes Ruipérez, director científico de INCLIVA
Dr. D. Carlos Simón, Director Fundación Carlos Simón
Dr. D. Pascual Medina Beso, Coordinador de la UCIM de la Facultad de Medicina y Odontología de la UV
Dra. Dña. Ana Sanmartin Almenar, Directora de Atención Primaria del Departamento de Salud Valencia Clínico – Malvarrosa
Dr. D. Jorge Navarro Pérez, Director Médico del Hospital Clínico Universitario de Valencia
Dra. Dña. Marina Soro Domingo, Presidenta del Comité Etíco de Investigación con medicamentos (CEIm)
Director General de Investigación y Alta Inspeccion de Sanitaria de la Consellería de Sanidad Universal y Salud Pública de la Generalitat Valenciana
Dr. D. Federico Pallardó Calatayud, catedrático del Departamento de Fisiología de la Universidad de Valencia