Research Group on Epigenomics and Translational Epigenetics
Metabolism and Organic Damage Area
Deepen the characterization of the epigenetic mechanisms that give phenotypic variability in human diseases, and that can give rise to diagnostic and prognostic biomarkers that can be implemented in precision medicine:
– Identification of epigenetic mechanisms and biomarkers in Rare Diseases
– Identification of epigenetic biomarkers in sepsis and neonatal sepsis
– Comprehension of the mechanisms mediating the heterogeneity and complexity of sepsis by generating new organoid models

Coordinator
STAFF
Collaborating Researchers
Nurse
Technicians
Laura Romero Jaque
Administrative assistant
Publications
Effects of intubation timing in patients with COVID-19 throughout the four waves of the pandemic: a matched analysis. Riera J, Barbeta E, Tormos A, Mellado-Artigas R, Ceccato A, Motos A, Fernandez-Barat L, Ferrer R, Garcia-Gasulla D, Penuelas O, Lorente J, Menendez R, Roca O, Palomeque A, Ferrando C, Sole-Violan J, Novo M, Boado M, Tamayo L, Estella A, Galban C, Trenado J, Huerta A, Loza A, Aguilera L, Garmendia J, Barbera C, Gumucio V, Socias L, Franco N, Valdivia L, Vidal P, Sagredo V, Ruiz-Garcia A, Varela I, Lopez J, Pozo J, Nieto M, Gomez J, Blandino A, Valledor M, Bustamante-Munguira E, Sanchez-Miralles A, Penasco Y, Barberan J, Ubeda A, Amaya-Villar R, Martin M, Jorge R, Caballero J, Marin J, Anon J, Sipmann F, Muniz G, Castellanos-Ortega A, Adell-Serrano B, Catalan M, de la Gandara A, Ricart P, Carbajales C, Rodriguez A, Diaz E, de la Torre M, Gallego E, Canton-Bulnes L, Carbonell N, Gonzalez J, de Gonzalo-Calvo D, Barbe F, Torres A. The European Respiratory Journal. 2023 Mar 2;61(3):2201426. doi: 10.1183/13993003.01426-2022. PMID: 36396142
Key factors associated with pulmonary sequelae in the follow-up of critically ill covid-19 patients. Gonzalez J, de Batlle J, Benitez I, Torres G, Santisteve S, Targa A, Gort-Paniello C, Moncusi-Moix A, Aguila M, Seck F, Ceccato A, Ferrer R, Motos A, Riera J, Fernandez L, Menendez R, Lorente J, Penuelas O, Garcia-Gasulla D, Penasco Y, Ricart P, Abril Palomares E, Aguilera L, Rodriguez A, Boado Varela M, Betere B, Pozo-Laderas J, Sole-Violan J, Salvador-Adell I, Novo M, Barberan J, Amaya Villar R, Garnacho-Montero J, Gomez J, Blandino Ortiz A, Tamayo Lomas L, Ubeda A, Catalan-Gonzalez M, Sanchez-Miralles A, Martinez Varela I, Jorge Garcia R, Franco N, Gumucio-Sanguino V, Bustamante-Munguira E, Valdivia L, Caballero J, Gallego E, Rodriguez C, Castellanos-Ortega A, Trenado J, Marin-Corral J, Albaiceta G, de la Torre M, Loza-Vazquez A, Vidal P, Anon J, Carbajales Perez C, Sagredo V, Carbonell N, Socias L, Barbera C, Estella A, Diaz E, de Gonzalo-Calvo D, Torres A, Barbe F. Archivos de Bronconeumologia. 2023 Jan 7:S0300-2896(23)00006-6. doi: 10.1016/j.arbres.2022.12.017. PMID: 36690515
The Biofire Filmarray Pneumonia Plus panel for management of lower respiratory tract infection in mechanically-ventilated patients in the COVID-19 era: a diagnostic and cost-benefit evaluation. Ferrer J, Clari M, Gimenez E, Carbonell N, Torres I, Blasco M, Albert E, Navarro D. Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. 2023 Feb;105(2):115847. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2022.11584. PMID: 36403558
The intricate role of non-coding RNAs in sepsis-associated disseminated intravascular coagulation. Canovas Cervera I, Nacher Sendra E, Osca Verdegal R, Dolz Andres E, Beltran Garcia J, Rodriguez Gimillo M, Ferrando Sanchez C, Carbonell N, Garcia Gimenez JL. International Journal of Molecular Sciences. 2023 Jan 30;24(3):2582. doi: 10.3390/ijms24032582. PMID: 36768905
CAPA in progress: a new real-life approach for the management of critically ill COVID-19 patients. Carbonell N, Alcaraz M, Serrano-Lazaro A, Rodriguez-Gimillo M, Ramos D, Ros F, Ferrer J, Blasco M, Navarro D, Clari M. Biomedicines. 2022 Jul 13;10(7):1683. doi: 10.3390/biomedicines10071683. PMID: 35884988
Characterization of Early Peripheral Immune Responses in Patients with Sepsis and Septic Shock. Beltran-Garcia J, Osca-Verdegal R, Javega B, Herrera G, O’Connor J, Garcia-Lopez E, Casabo-Valles G, Rodriguez-Gimillo M, Ferreres J, Carbonell N, Pallardo F, Garcia-Gimenez J. Biomedicines. 2022 Feb 23;10(3):525. doi: 10.3390/biomedicines10030525. PMID: 35327327
CIBERER: Spanish national network for research on rare diseases: a highly productive collaborative initiative. Luque J, Mendes I, Gomez B, Morte B, de Heredia M, Herreras E, Corrochano V, Bueren J, Gallano P, Artuch R, Fillat C, Perez-Jurado L, Montoliu L, Carracedo A, Millan J, Webb S, Palau F, Lapunzina P, Pallardo Calatayud F, CIBERER Network. Clinical Genetics. 2022 May;101(5-6):481-493. doi: 10.1111/cge.14113. PMID: 35060122
Combined kinetic analysis of SARS-CoV-2 RNAemia, N-antigenemia and virus-specific antibodies in critically ill adult COVID-19 patients. Costa R, Alberola J, Olea B, Gozalbo-Rovira R, Gimenez E, Cuevas-Ferrando E, Torres I, Albert E, Carbonell N, Ferreres J, Sanchez G, Rodriguez-Diaz J, Blasco M, Navarro D. Scientific Reports. 2022 May 18;12(1):8273. doi: 10.1038/s41598-022-12461-5. PMID: 35585163
Comparative analysis of chromatin-delivered biomarkers in the monitoring of sepsis and septic shock: a pilot study. Beltran-Garcia J, Manclus J, Garcia-Lopez E, Carbonell N, Ferreres J, Rodriguez-Gimillo M, Garces C, Pallardo F, Garcia-Gimenez J, Montoya A, Roma-Mateo C. International Journal of Molecular Sciences. 2021 Sep 14;22(18):9935. doi: 10.3390/ijms22189935. PMID: 34576097
DNA Methylation Analysis to Unravel Altered Genetic Pathways Underlying Early Onset and Late Onset Neonatal Sepsis. A Pilot Study. Lorente-Pozo S, Navarrete P, Garzón MJ, Lara-Cantón I, Beltrán-García J, Osca-Verdegal R, Mena-Mollá S, García-López E, Vento M, Pallardó FV, García-Giménez JL. Frontiers in Immunology. 2021 Feb 15;12:622599. doi: 10.3389/fimmu.2021.622599. PMID: 33659006
Implementing Precision Medicine in Human Frailty through Epigenetic Biomarkers. Garcia-Gimenez J, Mena-Molla S, Tarazona-Santabalbina F, Vina J, Gomez-Cabrera M, Pallardo F. International Journal of Environmental Research and Public Health. 2021 Feb 15;18(4):1883. doi: 10.3390/ijerph18041883. PMID: 33672064
Lower respiratory tract and plasma SARS-CoV-2 RNA load in critically ill adult COVID-19 patients: Relationship with biomarkers of disease severity. Olea B, Albert E, Torres I, Gozalbo-Rovira R, Carbonell N, Ferreres J, Poujois S, Costa R, Colomina J, Rodriguez J, Blasco M, Navarro D. Journal of Infection. 2021 Sep;83(3):381-412. doi: 10.1016/j.jinf.2021.05.036. PMID: 34087349
Circular RNAs in Sepsis: Biogenesis, Function, and Clinical Significance. Beltrán García J, Osca Verdegal R, Nacher-Sendra E, Pallardo Calatayud F, Garcia Gimenez J. Cells. 2020 Jun 25;9(6):1544. doi: 10.3390/cells9061544. PMID: 32630422
Circulating miRNA expression analysis reveals new potential biomarkers for human cutaneous melanoma staging. Sanchez Sendra B, Garcia Gimenez J, González Muñoz J, Navarro Cerveró L, Murgui A, Terradez Mas L, Pinazo Canales M, Martin Hernandez J, Monteagudo Castro C. Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology. 2020 Mar;34(3):e126-e129. doi: 10.1111/jdv.16060. PMID: 31710393
Cofilin dysregulation alters actin turnover in frataxin-deficient neurons. Muñoz Lasso D, Molla B, Calap Quintana P, Garcia Gimenez J, Pallardo Calatayud F, Palau F, González Cabo P. Scientific Reports. 2020 Mar 23;10(1):5207. doi: 10.1038/s41598-020-62050-7. PMID: 32251310
Correction to: miRNA-23b as a biomarker of culture-positive neonatal sepsis. Fatmi A, Rebiahi S, Chabni N, Zerrouki H, Azzaoui H, Elhabiri Y, Benmansour S, Ibanez-Cabellos J, Smahi M, Aribi M, Garcia-Gimenez J, Pallardo F. Molecular Medicine. 2020 Dec 14;26(1):129. doi: 10.1186/s10020-020-00257-0. PMID: 33317443
Projects
Title: Biomarcadores de pronóstico de Escoliosis Idiopática en Adolescentes
Funding body: Instituto de Salud Carlos III – Cofinanciado FEDER
Principal Investigator: Salvador Mena Mollá
Duration: 2023 – 2025
Total budget: 123.420 €
Title: Identificación y validación de biomarcadores mediante el uso de las ómicas y la Inteligencia Artificial para el diagnóstico temprano y mejora del manejo clínico de la sepsis
Funding body: Ministerio de Ciencia e Innovación
Principal Investigator: Edurne Carbonell
Duration: 2022 – 2024
Total budget: 150.269 €
Title: Test basados en péptidos spike-in y espectrometría de masas para la cuantificación de histonas circulantes y proteína APC, para el manejo clínico del paciente crítico
Funding body: Instituto de Salud Carlos III – Cofinanciado FEDER
Principal Investigator: Jose Luis García Giménez
Duration: 2022 – 2023
Total budget: 122.100 €
Title: Valorización e internacionalización de HistShock, un test IVD para el diagnóstico y pronóstico de la sepsis y el shock séptico
Funding body: Fundación para la Innovación y Prospectiva en Salud en España (FIPSE)
Principal Investigator: José Luis García Giménez
Duration: 2021 – 2021
Total budget: 30.000 €
Title: Valorización, estrategia de protección y transferencia de un método de diagnóstico y pronóstico de la sepsis y el shock séptico
Funding body: Agencia Valenciana de la Innovación-AVI Generalitat Valenciana
Principal Investigator: Jose Luis García Giménez
Duration: 2020 – 2021
Total budget: 110.670 €
Title: Biomarcadores epigenéticos en sepsis y su implicación en inmunosupresión y futuras comorbilidades en supervivientes
Funding body: Instituto de Salud Carlos III – Cofinanciado FEDER
Principal Investigator: José Luis García Giménez
Duration: 2020 – 2022
Total budget: 111.320 €
Title: Potencial de la leriglitazona para el tratamiento de enfermedades asociadas a la acumulación de hierro, distrofias y enfermedades neuromusculares
Funding body: Ministerio de Ciencia e Innovación
Principal Investigator: Pilar González Cabo
Duration: 2020 – 2023
Total budget: 90.000 €
Title: Incorporación de investigadores y tecnólogos para proyectos de innovación en empresas
Funding body: Agencia Valenciana de Innovación (AVI)
Principal Investigator: José Luis García Giménez
Duration: 2020 – 2021
Total budget: 33.013 €
Title: Validación de biomarcadores para el diagnóstico y el pronóstico de la sepsis neonatal
Funding body: CIBER de Enfermedades Raras (CIBERER-ISCIII)
Principal Investigator: José Luis García Giménez
Duration: 2019 – 2020
Total budget: 49.500 €
Title: Epigenética e inmunosupresión. Uso de las histonas circulantes y sus modificaciones posttraduccionales como biomarcadores de diagnóstico y pronóstico en sepsis y shock séptico
Funding body: Instituto de Salud Carlos III – Cofinanciado FEDER
Principal Investigator: José Luis García Giménez
Duration: 2017 – 2019
Total budget: 87.725 €
+ Info
Starting year: 2014
Researchers: García Giménez, José Luis
Web: http://www.epidisease.com/
Doctoral candidate: Berenguer Pascual, Ester
Director(s): García Giménez, José Luis; Pérez Machado, Giselle; Mena Mollá Salvador
Date of the defense: 10/02/2022
University: Universitat de València
Title: Uso de las histonas circulantes y sus modificaciones post-traduccionales como biomarcadores en sepsis y shock séptico
Doctoral candidate: Beltrán García, Jesús
Director(s): García Giménez, José Luis; Pallardó Calatayud, Federico
Date of the defense: 20/01/2022
University: Universitat de València
Title: Influencia de factores epigeneticos en el desarrollo de la escoliosis idiopatica del adolescente
Doctoral candidate: Rubio Belmar, Pedro Antonio
Director(s): Bas Hermida, Teresa; García Giménez, José Luis
Date of the defense: 27/05/2021
University: Universitat de València
Title: Búsqueda de MIARNS en fluido crevicular gingival: expresión diferencial en sujetos con periodontitis crónica avanzada
Doctoral candidate: Almiñana Pastor, Pedro José
Director(s): García Giménez, José Luis; Bagán Sebastián, Jose Vicente; López Roldán, Andrés
Date of the defense: 04/03/2021
University: Universitat de València