La Junta de Gobierno es el órgano encargado de elaborar y aprobar propuestas de actividades y proyectos de investigación, decidir y asignar los recursos presupuestarios y ejecutar y hacer cumplir los acuerdos del Patronato entre otras funciones. La composición actual es la siguiente:
Presidencia
D. Álvaro Bonet Pla, director del Hospital Clínico Universitario de Valencia
Vicepresidencia
Dra. Amparo Ruíz Saurí, decana de la Facultad de Medicina y Odontología de la Universitat de València
Secretaría
Dña. Maite Sáenz González, secretaria general de la Fundación INCLIVA
Vocales
D. Manuel Alos, jefe del Servicio de Farmacia del Hospital Clínico Universitario de Valencia
D. Vicente de Juan Martín, director gerente de INCLIVA
Dr. D. Andrés Cervantes Ruipérez, director científico de INCLIVA
Dr. D. Carlos Simón, director Fundación Carlos Simón
Dr. D. Pascual Medina Beso, coordinador de la UCIM de la Facultad de Medicina y Odontología de la Universitat de València
Dra. Dña Mª José Puchades, directora de Atención Primaria del Departamento de Salud Valencia Clínico – Malvarrosa
Dr. Jonatan Alguacil Pinel, director médico del Hospital Clínico Universitario de Valencia
Dra. Dña. Marisa Luisa Calabuig, presidenta del Comité Ético de Investigación con medicamentos (CEIm)
Dra. Mariola Penadés Fons, directora general de Investigación e Innovación de la Conselleria de Sanidad
Dr. D. Federico Pallardó Calatayud, catedrático del Departamento de Fisiología de la Universitat de València