Unidad de Bioinformática

Introducción

La unidad de Bioinformática (UB) es una plataforma central de INCLIVA que proporciona servicios de apoyo a la investigación basados en el análisis de datos ómicos y otro tipo de datos biomédicos. Asimismo, la UB ofrece soporte para el desarrollo de software o pipelines específicos, así como formación y servicios de consultoría en Bioinformática.

Actualmente, la UB ofrece una amplia cartera de servicios abierta tanto para el personal de la propia Fundación INCLIVA, para los que el servicio es gratuito, como para investigadores o empresas externas.

Servicios

Nuestra misión es impulsar, promover y ejecutar una investigación traslacional de calidad ofreciendo apoyo metodológico, analítico y computacional. Para ello, nuestro equipo pone a su disposición la tecnología más avanzada a través de la siguiente cartera de servicios:

• Diseño, desarrollo, validación y análisis de paneles de genes basados en NGS. Detección de variantes germinales y somáticas en muestras de sangre, tejidos parafinados, tejidos frescos o biopsias líquidas.
• Análisis de datos de exomas. Priorización de variantes potencialmente patológicas, identificación de vías afectadas, relación genotipo-fenotipo.
• Análisis de datos de RNASeq en “bulk” o en estudios de célula única (scRNASeq).
• Análisis de small RNAs (miRNAs).
• Análisis de metagenomas.
• Análisis de metilomas (tanto arrays como NGS).
• Integración, análisis y visualización de datos de redes complejas.
• Data mining y análisis exploratorio de bases de datos públicas.
• Representación gráfica de resultados de investigación.
• Depuración y análisis de bases de datos.
• Desarrollo de software a medida.
• Asesoramiento y apoyo metodológico en la redacción de protocolos, proyectos de investigación, artículos, trabajos de final de grado/máster y tesis doctorales.
• Consultoría.

Equipamiento

INCLIVA cuenta con su propio Centro de Procesamiento de Datos (CPD) que alberga diferentes servidores con una capacidad total de 350 CPUs, 700 hilos de ejecución, 6.5 TB de RAM ECC, ~350 TB de almacenamiento HDD redundante, 20 TB de almacenamiento de estado sólido (SSD) y más de 600 TB de almacenamiento secundario para copias de seguridad. Además, el CPD tiene servidores con capacidades informáticas en paralelo CUDA compatibles con dos GPU Nvidia A40.

Además, y como parte de la comunidad de investigación biomédica valenciana, también teníamos acceso a una gran instalación informática alojada en el Centro de Investigación Príncipe Felipe para hacer frente a grandes proyectos.

Equipo Humano

Sheila M. Zúñiga Trejos  – Coordinadora de la Unidad
José Francisco Català Senent – Técnico informático
Fabián Robledo Yagüe – Técnico informático
Francisco Martínez Picó – Técnico informático
Roxana Moldovan – Técnico informático